% ncdump -c /work/projects/G09/SEACLID/MCA/C_matrx.nc 
% netcdf C_matrx {
% dimensions:
% 	x = 9882 ;
% 	y = 11627 ;
% variables:
% 	float x(x) ;
% 		x:long_name = "Longitude" ;
% 		x:units = "degree_east" ;
% 	float y(y) ;
% 		y:long_name = "Latitude" ;
% 		y:units = "degree_north" ;
% 	float cor(y, x) ;
% 		cor:long_name = "Covariance Matrix" ;
% 		cor:units = "-" ;
% 		cor:missing_value = -99.f ;
% Trong đó x là số hàng, y là số cột ma trận
% Ký hiệu ma trận là C(x,y)
% Em viết một đoạn để tính C(x,y) = U(x,y) x W(y,y) x V(y,y)
% Thực ra trong KQ chỉ có U(x,y), W(y) và V(y,y)
% Sau khi tính xong em ghi ra file NC của ba mảng U, W và V
% Sau khi viết CT Matlab, em viết một script chạy bằng shell
% Goi thuc hien CT Matlab


clearvars
close all;

datadir = '/home/data/'; 
outdir = '/home/data2/';

fin = [datadir,'input_file.nc']; % join path with file name
fout = [outdir,'ouput_file.nc'];

mis_val = -99.99; % missing value (change this if you want)

%% Read data


lon = ncread(fin,'x');
lat = ncread(fin,'y');

U = ncread(fin,'U');
W = ncread(fin,'W');
V = ncread(fin,'V');

% turn missing value to NaN (matlab works on NaN).
U(U == mis_val) = nan;
W(W == mis_val) = nan;
V(V == mis_val) = nan;

%% calculate C(x,y);

C = U*W*V;

% turn back NaN to mis_val
C(isnan(C)) = mis_val;

    
%% write results to nc file

delete(fout); % delete if exist and create a new file. (avoid mistake if file exist on previous test)
dim_name = {'x','y'};
dim_standard_name = {'longitude','latitude'};
dim_long_name = dim_standard_name;
dim_units = {'degree_east','degree_north'};
dim_axe_type = {'Lon','Lat'};
dim_size = {size(x),size(y);
dim_values = {lon,lat};


var_name = {'cor'};
var_datype = {'single'};
var_standard_name = {'Covariance Matrix'};
var_long_name = var_standard_name;
var_dim_name = {{'x','y'}};
var_dim_size = {size(C)};
var_units = {'-'};
var_miss_val = {mis_val};
var_values = {C};


for d = 1:length(dim_name)
    ncwrite_dim(fname,dim_name{d},dim_size(d),dim_standard_name{d},...
        dim_long_name{d},dim_units{d},dim_axe_type{d},dim_values{d});
end


for i = 1:length(var_name)
    ncwrite_var(fname,var_name{i},var_datype{i},var_dim_name{i},var_dim_size{i},var_values{i},...
        var_standard_name{i},var_long_name{i},var_units{i},var_miss_val{i});
end